Los Controles en Aplicaciones y Sistemas en Operaciones persiguen asegurar de que individualmente, dada aplicación mantiene la salvaguardia de los activos informáticos, la integridad de los datos, alcanza los objetivos, y se procesan los datos de forma eficiente.

Cuando el auditor está evaluando la estructura de control de las aplicaciones en operación, puede decidir la evaluación de controles por dos motivos: En primer lugar: El auditor puede plantear la hipótesis de que existen debilidades de control en un sistema de aplicación específico. En segundo lugar, el auditor puede desear probar las debilidades de control en las aplicaciones acerca de tipos específicos de controles.